Als u een GCPROJ-bestand met Genome Compiler wilt maken, selecteert u 'Nieuw project' door op het documentpictogram te klikken met het symbool '+'. Selecteer vervolgens "Exporteren" door op het pijlsymbool op het pictogram met twee diskettes te klikken. Selecteer ten slotte "Export as gcproj", geef het bestand een naam, kies de opslaglocatie en klik op Opslaan.
Om een GCPROJ-bestand te openen met behulp van Genome Compiler, selecteert u het pictogram met de map en de pijl. Navigeer vervolgens naar uw bestand en klik op Openen.